地震灾区使用了大量冲锋舟运输人和物资，经常发生翻船，翻船之后所携带的油就进入水中。另外，紫坪铺水库由于放水过快，而没有采取适当的措施，大量的漂浮物滞留在水面上，使得水表面看起来非常不安全。

陈吉宁由此提出：灾后采取应急措施时，应系统全面地考虑问题，要跟其他部门的战略有机结合起来，使不同领域的工作能得到系统、全面的安排。他说：“地震发生之后，全国人民都很关注，业界很多专家和技术人员也会从各自专业的角度提出不同的方案，但有相当一部分问题是我们想象不到的。比如说地震一发生，有的企业捐污水处理设施，但污水处理设施在那个时期不是最重要的问题。灾后实际发生的问题跟想象中有非常大的差距。”因此，陈吉宁指出，灾后最需要的是实地考察和科学分析为决策提供依据。

“其次要保证信息公开。”陈吉宁说，信息公开是开展有效救援的基础，全面准确地把握灾情才能及时提出判断。“比如灾区的消杀剂用量到底有多少？这关系到如何保护水源地的问题，关系到水厂提什么样预案的问题。我们要判断这些消杀剂进到水中是什么样的状态，降雨是什么状态，不降雨是什么状态。只有了解这些情况之后，下面才能作出比较好的预案。”

他同时希望能有一种更好的机制传递应急信息，以保证信息的准确性和决策的正确性。

最后，陈吉宁提出，应把水环境监测纳入到国家的生命线。他说：“我们过去对水环境安全不重视，大灾发生之后监测跟不上，很多指标的监测很难开展。现在看来，应急水安全技术的研发储备还是明显不足，尤其是装备产业化方面有很大差距。从应急的角度，应当把监测能力，不论是政府的还是企业的，纳入到生命线这样一个水平，才能确保监测能力能够及时恢复、及时投入使用。”