高速铁路南京南站和公路南京南站一起，共占地二平方公里左右，建成后将是京沪高铁全线规模最大的火车站。按照设计方案，南京南站为高架车站，站台在二楼，候车大厅在三楼，地面一层为换乘广场，广场中心区域有地铁一号线、三号线和六号线的进出站口；广场南侧有一个机场快客停靠带，高架路联通禄口机场；公路客运南站设在铁路南京南站的南广常在这里可实现铁路、公交、地铁、长途客车和机场大巴的“零距离”换乘。

　　有关专家表示，南京南站建成后，除京沪高速铁路外，还将引入沪汉蓉(上海—南京—合肥—武汉—重庆—成都)铁路、宁安(南京—芜湖—安庆)和宁杭(南京—杭州)铁路，成为华东地区最大的交通枢纽。